Dubingių piliavietėje yra išlikę buvusios XVI–XVII a. Radvilų bažnyčios liekanos. Pirmą kartą trumpalaikiai archeologiniai tyrimai bažnyčios teritorijoje vyko 1939 m.

Archeologinių tyrimų metu nustatyta, kad bažnyčios sienų mūrai buvo užversti storu griuvenų sluoksniu, bažnyčios viduje ir išorėje rasti Radvilų šeimos palaidojimai.

Bažnyčių teritorijoje aptikti 68 geriau išlikę griautiniai kapai ir ne mažiau kaip 117 žmonių palaikų iš suardytų kapų.

1420 m. vasario 8 d. iš čia rašytas laiškas didžiajam Ordino magistrui, kuriame pažymėta, kad didysis kunigaikštis Dubingiuose pastatydino bažnyčią.

XVI a. pradžioje Dubingius perėmė Radvilų giminė, miestelis tapo vienu iš reformacijos centrų Lietuvoje, Dubingių kunigaikštystės centras.

XVI a. viduryje Mikalojus Radvila Rudasis Dubingių katalikų bažnyčią perdavė evangelikams reformatams. Apie 1620 m. Jonušas Radvila I piliavietėje pastatė naują, mūrinę, renesanso stiliaus evangelikų reformatų bažnyčią. Šioje bažnyčioje buvo palaidoti žymiausi Radvilų giminės žmonės, tarp jų Mikalojus Radvila Rudasis ir Jonušas Radvila I.

XVII a. Dubingiuose veikė drobės audyklos, viena pirmųjų Lietuvoje popieriaus dirbtuvių.

Miestas sunyko per 1655–1660 m. Šiaurės karą ir marą. 1651 m. buvo 67, 1661 m. – tik 12 dūmų.

1682 m. Dubingiuose įvyko Lietuvos evangelikų reformatų sinodas. XVII a.-XVIII a. evangelikų reformatų bendruomenė miestelyje sunyko ir Dubingiai palaipsniui perėjo į katalikybę. 1735 m. evangelikų reformatų bažnyčia sudegė.

Dar XVI a. dėl bažnyčios nusavinimo, katalikai padavė Radvilas į teismą. XVII a. viduryje buvo priteista, kad Radvilos turi pastatyti Dubingiuose katalikams bažnyčią. Tai buvo padaryta apie 1672 m., tačiau naujoji katalikų bažnyčia pastatyta ne piliavietėje, o ant kalvos, kitapus ežero.

Bažnyčios, kurioje buvo laidojami Radvilos, liekanos yra užkoncervuotos.