Nemuno kilpų regioninis parkas buvo įkurtas unikaliam Nemuno kilpų ir Punios šilo kraštovaizdžiui, jo gamtinei ekosistemai bei kultūros paveldo vertybėms išsaugoti.

Parko ašis – ilgiausia Lietuvos upė Nemunas. Apie 60 km smarkiai vingiuotas Nemuno vidurupio ruožas sudaro tris didžiąsias kilpas. Tarp aukštų, miškais apaugusių šlaitų ir atodangų įvairiausiomis kryptimis teka upė. Veržlūs upeliukai suformavo vaizdingus kanjonus, raguvas, daubas.

Punios šilas – ypatingos botaninės vertės miškas, išsaugojęs pirmykščių Lietuvos girių bruožus. Jame auga aukščiausios Lietuvos pušys bei eglės, natūralia alėja išsirikiavę Lietuvos kunigaikščių vardais pavadinti ąžuolai, randama daug saugomų augalų rūšių. Šiame šile jau 160 metų šlama aukščiausia Lietuvos pušis, siekianti 42 m. Šilo gamtiniame rezervate miškas egzistuoja be tiesioginės žmogaus įtakos. Punios šilo retenybės – juodieji gandrai, mažieji ereliai rėksniai, didžiosios miegapelės, vidutinieji geniai. Gyvena stirnos, šernai, gana didelė tauriųjų elnių banda, daug smulkesnių žinduolių.

Keli apie 46 m aukščio maumedžiai auga Degsnės maumedyne, tarp kurių – aukščiausias Lietuvos medis Degsnės miško maumedis. Aukščiausia eglė, siekusi 45 metrus, taip pat augo šiame parke, Prienų šile, tačiau XX a. pabaigoje nudžiūvo. Jos aukštį vejasi kelios Punios šile augančios pušys ir eglės.

Prienų pašonėje esančiose Nemuno salose įsikūrusi didžiulė kirų ir žuvėdrų kolonija. Nuo Nemuno krantų galima stebėti paukščių migraciją.

Vieni gražiausių peizažų iš regyklos ant Nemuno kranto prie Balbieriškio, nuo Nemuno slėnio šlaitų ir Punios bei Birštono piliakalnių. Įspūdingos Balbieriškio, Siponių, Škėvonių atodangos.

Pagal biologinę įvairovę Nemuno kilpų regioninis parkas yra viena turtingiausių saugomų teritorijų Lietuvoje. Tą nulemia išlikę nemaži sengirių plotai, miškuose likę neištiesinti upeliai, natūralūs Nemuno slėnio šlaitai su gausiomis griovomis, natūraliai besiformuojančios Nemuno salos. Iš pačių vertingiausių gyvajai gamtai objektų galima išskirti Punios šilą, Nemuno salas, Drubengio upelio slėnį, Revuonos upelio aukštupio pelkę, Vizdijos upelio slėnį, Ošvenčios upės vidurupį. Punios šilas yra vienas vertingiausių objektų ne tik Lietuvoje, bet ir Europoje.

Parko teritorijoje yra net 20 piliakalnių. Patys garsiausi – Birštono Vytauto kalnas ir Punios Margirio kalnas. Aukštame Punios piliakalnyje galėjo stovėti garsi Pilėnų pilis. Nuostabūs vaizdai atsiveria nuo Pošvenčio, Naravų, Paverknių piliakalnių. Vertingi liaudies meistrų architektūros kūriniai – Prienų ir Nemajūnų medinės bažnyčios.